企圖統治數碼寶貝世界和人類世界的究極魔獸，牠讓尼歐培育擁有兇惡力量的亞魯卡迪獸。然而，尼歐卻反過來讓亞魯卡迪獸吸收了究極魔獸，意圖創造另一個新世界。先前的分身舊艾利亞斯Ⅲ為了阻止尼歐的行徑，與他展開了戰鬥，但最後卻落得慘敗的下場。為了守護數碼寶貝世界的和平，太一和傑羅潛入究極魔獸城，要與尼歐展開對決!!