江戶時代，太平盛世來臨，紛擾鬥爭的時代宣告結束，但是不期望這個結果的人們依然作亂著，尤其是在離天京這裡，情形更為猖獗。這時兩把宿命的刀隔著時空再次出現在世人的面前，因戰鬥而生的劍客們開始了死鬥....。 

新鬼武者:文祿四年──在豐臣秀吉的統治之下，百姓過著安樂和平的日子，然而，勢力逐漸減弱的幻魔們又開始蠢蠢欲動。開始利用豐臣秀吉的養子─豐臣秀次，展開奪回封印著幻魔王之力的鬼之?手已便一統世界的計畫。一直守護著鬼之?手的僧侶－南光坊天海，得知消息後，也開始挺身而出……