故事講述了日本還處於江戶時代的1792年，萬次殺死了做惡的貪官上司，並在逃亡途中無意間殺死了前來追捕自己的妹夫。雖然萬次想放下屠刀卻不斷被人追殺，還毀掉了妹妹的一生。 
由於被八百比丘尼埋進了血仙蟲而擁有不死之身的劍士萬次，為了解開血仙蟲造成的不死之咒語，發誓殺一千個惡人來贖百人斬的罪。遇到身負血仇的孤女凜後，他決定幫助其報仇。一路遭遇凜的仇人「逸刀流」、旨在剿滅逸刀流的幕府密探「無骸流」以及其他種種勢力或個人。 
在無法界定對錯的凜的復仇之旅中，萬次打敗了一個個強悍的對手——也許對他來說，千人斬的實現僅僅是時間的問題。可是，劍客都是雙手沾滿鮮血的人，誰為善心，誰又為惡人，萬次有鑒定的資格和能力嗎？ 
殺人，就是一種罪，殺惡人也是殺人，這世上真的有可以藉著殺人贖清的罪孽嗎？每個人都只是為著自己的理由揮劍而已。對於萬次，在過去無可挽回的悔恨中許下了殺千人的悲願，也許這只不過是繼續揮刀活下去的理由，繼續殺人的理由……